Collegarsi al Deep Web comporta dei rischi se l'applicazione non è configurata nel modo corretto.

Il DNS è il server che contiene i siti e gli indirizzi Ip ad essi collegati. La richiesta al server DNS viene effettuata in chiaro quindi è facilmente a rischio di intrusioni. Per evitare questo è necessario svolgere la richiesta attraverso un server proxy. Questa funzione è già implementata nel bundle (Firefox+Tor) scaricabile gratuitamente dal sito ufficiale.

Gli script che girano nei browser (Javascript, Flash, ecc.) sono vulnerabili da attacchi da parte di esterni. Una soluzione potrebbe essere la disabilitazione di questi che tuttavia comporterebbe una errata visualizzazione delle pagine Web. La risoluzione migliore è utilizzare un router installando Tor direttamente al suo interno. In questo modo qualsiasi cosa si collegherà passerà attraverso il browser Tor e non sarà necessario installarlo sui dispositivi.

I metadati sono dei dati che al loro interno descrivono altre informazioni come ad esempio una foto digitale che contiene varie indicazioni tra cui chi l’ha scattata, la data e l’ora. Per questo motivo i metadati sono esposti a facile lettura da esterni.